A legfontosabb, hogy tartsuk magunkat a pályázati dokumentációkban meghatározott követelményrendszerhez, ellenőrzési módszertanhoz. A pénzügyi beszámolónak, amelyet a támogatási projekthez az elszámolások során nyújtunk be, formailag, tartalmilag meg kell felelnie a jogszabályok által előírtaknak.
Előfordulhat, hogy a projekt elszámolási rendjére vonatkozóan elkülönített nyilvántartási kötelezettséget írnak elő, az ennek való megfeleltetést a könyvelésben rögzítenünk kell.
Biztosítanunk kell, hogy az elszámolásra benyújtott tételek megfeleljenek az általános számviteli bizonylati és kapcsolódó adójogszabályi előírásoknak. Ehhez a számviteli szolgáltatónak vagy adótanácsadónak - alaki és tartalmi szempontból is - ellenőriznie kell, hogy megfelelő bizonylatot teljesítsen és nyújtson be a cég a pályázati elszámolás során.
Összhangba kell hoznunk a szállítói szerződéseket és a teljesítésigazolásokkal és a számlákkal. Ügyelnünk kell arra, hogy csak kifizetett költségeket nyújtsunk be pályázati elszámolásra. A kifizetés igazolását hiteles bizonylatokkal kell igazolnunk és azokat is csatolnunk kell az elszámolásokhoz.
A költségek elszámolására csak a támogatott projekt kezdő és záró dátuma között van lehetőségünk. Gyakori hiba, hogy a támogatást nyújtó fél számla kibocsátását kéri a támogatott vállalkozástól. Nem árt, ha tudjuk, a kapott támogatás nem termékértékesítés vagy szolgáltatásnyújtás ellenértéke, így ezzel kapcsolatosan számlát kibocsátani sem lehet. A támogatás elszámolásának bizonylata mindkét félnél a támogatási szerződés, a támogatás folyósításáról szóló értesítés, illetve a kapcsolódó banki bizonylat.
Ha a támogatást kapó vállalkozás áfa levonására jogosult, a támogatás csak a számla nettó összegére vonatkozhat, függetlenül attól, hogy az érintett költségszámla esetében a vállalkozónak csak korlátozott, vagy teljes áfa levonási joga van.
A forgóeszközre kapott támogatást nem lehet halasztott bevételként elhatárolni, mivel a forgóeszközök rövidtávon szolgálják a vállalkozás tevékenységét, egy éven belül elhasználódnak. A beszerzésükhöz kapott támogatás a pénzügyi teljesítés időszakának eredményét növeli.
Amennyiben a visszafizetési kötelezettség nélkül kapott támogatást belföldi vagy külföldi gazdálkodó, illetve külföldi szervezet nyújtja és szerződésen alapul, csak abban az esetben szabad az eredmény javára elszámolni, ha az a tárgyévhez vagy az azt megelőző üzleti évhez kapcsolódik és a tárgyévi beszámoló mérlegkészítésének időpontjáig pénzügyileg is rendezték.