A szakértő szerint bár hatékony eszköz lenne az adóelkerülés elleni harcban, és ezzel jelentős pénz is spórolhatna a költségvetésnek, egy másik gyakori ellenérv a fordított adózás kiterjesztése ellen, hogy ideiglenesen csökkentené az áfarendszer költségvetést fenntartó hatását. A MAZARS szerint a fordított adózás pontosabb adózási ismereteket is követel, mert az alkalmazására kijelölt speciális területek beazonosítása nem mindig egyszerű feladat. „Általános probléma a fordított adózással érintett termékkör vagy szolgáltatás beazonosítása, illetve a pontatlan beazonosításból adódó kockázatok kivédése. Ha ugyanis ez nem sikerül, akkor az adóhatóság adóhiányt állapíthat meg a hibás félnél” – magyarázta Nyári Zsolt. Példaként említette, hogy nem mindig egyértelmű, hogy a földmunka vagy a kertépítés esetén alkalmazandó-e a fordított adózás. Ha az eladó tévesen alkalmazza a fordított adózást, akkor azért büntetik meg, mert nem számolt fel áfát. Ha pedig az eladó áfásan számláz, bár fordítottan, áfa nélkül kellett volna, akkor a vevő azért büntethető, mert olyan áfát vont le, amelyet az eladónak – ha az ügylet fordított áfás – nem kellett volna felszámítania.