A legfőbb hátránya ugyanakkor, hogy innentől kezdve két (vagy több) különálló rendszerről beszélünk, amit külön kell karbantartani. Ha csinálunk egy fejlesztést, hibajavítást, bármit, azt mindkét rendszerbe külön-külön meg kell csinálni – és drasztikusan növeli mind a karbantartási költségeket, mind a hibalehetőségeket (pl. a fejlesztő valamelyik módosítást elfelejti valamelyik klón áruházban megcsinálni). Éppen ezért ahol csak lehetséges érdemes elkerülni a klónozást, és megpróbálni egy többnyelvű webáruházzal megoldani a dolgot. Tartalmi kérdések Az egyik nagy kérdés, hogy vajon minden tartalomra szükség lesz-e a fordított webáruházakban – és strukturálisan megfelelő-e a magyar áruház a többi nyelven is. Némelyik webáruház rendszer képes arra, hogy ne jelenítsen meg olyan tartalmakat, melyhez nincs fordítás, viszont arra már szinte egyik sem, hogy szerkezetileg is különbözőek legyenek az egyes nyelvek. Ha tehát drasztikus különbségeket akarunk tartalmilag megvalósítani az egyes nyelvek között, akkor valószínűleg klónozásra van szükségünk. Ország-specifikus dolgok A több nyelv általában több országot is jelent – és az egyes országokban nem feltétlenül csak a nyelv különbözik, de a fizetési módok, a jogszabályok, a szállítási díjak, stb. is. Sőt, gyakran a valuta is különböző, egy német vevő pl. nem biztos, hogy forintban szeretne fizetni. Egy jobb webáruház motor képes ezt kezelni, és különböző fizetési és szállítási díjakat biztosítani az egyes nyelvi változatokhoz, sőt az egyes nyelvekhez alapértelmezett valutát is be lehet állítani, és nyelvváltáskor a valutát is automatikusan átváltja. Ha azonban jelentős funkcionális különbségek is vannak az egyes országok között, pl. valahol fel kell számítani „környezetvédelmi díjat”, akkor ott lehetséges, hogy klónozásra van szükség.