A legfontosabb módosítás az, hogy a baromfi és sertés állatjóléti támogatást igénylőknek a támogatási évet megelőző év decemberében, így a 2016. évi támogatási év kapcsán már 2015. december 7. és december 31. között támogatási kérelmet kell benyújtani az MVH-hoz.
Az ösztönző hatás elve alapján a támogatást nyújtó köteles meggyőződni arról, hogy kizárólag olyan tevékenységek kerülnek finanszírozásra a központi költségvetésből, amelyet a kedvezményezett a támogatás nélkül nem lenne képes, vagy hajlandó végrehajtani. Ennek érdekében az állami támogatásokra vonatkozó uniós szabályok előírják, hogy a leendő kedvezményezetteknek még a tevékenység megkezdése előtt támogatási kérelmet kell benyújtani a hatósághoz, amely tartalmazza a támogatással megvalósítani kívánt tevékenység legfontosabb adatait.
A baromfi és sertés állatjóléti támogatások esetében mindez azt jelenti, hogy a támogatást igénylőknek a 2016. évi baromfi és sertés állatjóléti támogatások igénybevételéhez 2015. december 7. és december 31. között támogatási kérelmet kell benyújtani az MVH-hoz. Ebben a kérelemben meg kell jelölni a támogatási évben vállalni kívánt állatjóléti kötelezettségvállalásokat (jogcímeket) és az azokhoz tartozó állategységeket is. Nagyvállalkozások esetén pedig külön támogatási feltétel az is, hogy a támogatási kérelemhez csatolni kell az élelmiszerlánc-biztonsági és állategészségügyi hatáskörében eljáró megyei kormányhivatal a nagyvállalkozás támogatás igénybevételével előálló és a támogatás igénybevétele nélkül várható helyzetére vonatkozó igazolását arról, hogy a nagyvállalkozás részvétele a támogatási programban indokolt.
A támogatási kérelemről az MVH döntést hoz, amelyben az adott kedvezményezett vonatkozásában rögzítésre kerül a 2016. évben igényelhető baromfi, illetve sertés állatjóléti támogatás legmagasabb összege a kedvezményezett által a támogatási kérelemben megjelölt állatjóléti kötelezettségvállalások (jogcímek) és állategységek alapján. Ezt követően a támogatás igénylésének rendje nem változik, vagyis a kedvezményezettek a megszokott negyedéves ütemben nyújthatják be az MVH-hoz az aktuális negyedévi támogatások kifizetésére irányuló igényeiket. Fontos azonban, hogy a negyedéves kifizetési kérelemben kizárólag a támogatási kérelemben megjelölt és az MVH által jóváhagyott tartási helyre, illetve tevékenységre vonatkozó igények szerepelhetnek.