A veszély azonban nem feltétlenül a receptúrában keresendő.
Egy kozmetikai készítmény akkor is problémássá válhat, ha az összetevői egyébként megfelelnek az előírásoknak. A termékbiztonság másik fontos területe ugyanis a mikrobiológiai minőség: a baktériumok, élesztő- és penészgombák jelenléte, illetve elszaporodása. Ezek a mikroorganizmusok az alapanyagokkal, a gyártás vagy a csomagolás során is bekerülhetnek a készítménybe, és a használat közbeni szennyeződés lehetőségével is számolni kell.
Különösen fontos ez a víztartalmú kozmetikumoknál, például a krémeknél, testápolóknál és samponoknál. A nem megfelelően kialakított vagy működő tartósítórendszer, illetve a gyártás higiéniai hiányosságai kedvezhetnek a mikroorganizmusok elszaporodásának. A szennyeződés ráadásul nem feltétlenül látható: egy terméknek akkor is lehet kifogásolható a mikrobiológiai minősége, ha a színe, az illata és az állaga látszólag változatlan.
A mikrobiológiai szennyeződések bőrirritációt, bizonyos esetekben fertőzéseket is okozhatnak. Különösen körültekintően kell eljárni a szemkörnyéken, a nyálkahártyákon vagy a sérült bőrön alkalmazott készítményeknél, valamint az érzékenyebb fogyasztói csoportoknak szánt termékek esetében.
A J.S. Hamilton Hungária szakemberei szerint ezért a kozmetikumok mikrobiológiai ellenőrzése az egyik legfontosabb része a termékbiztonság igazolásának.
A laboratóriumi vizsgálatok segítségével megállapítható, hogy a vizsgált termék mikrobiológiai minősége megfelel-e a vonatkozó követelményeknek. Az eredmények a gyártásellenőrzéshez és a termék biztonsági értékeléséhez is fontos információkat szolgáltathatnak.