A mezőgazdasági vízdíjakat egy adott rendszer fenntartási költsége határozza meg, ez pedig jelentős mértékben függ attól, hogy gravitációs vagy szivattyús, átemelős rendszerek üzemelnek-e. Utóbbiak jelentős energiaigénye miatt nagyon eltérőek a termelők által fizetett vízdíjak. Erre tekintettel a Nemzeti Agrárgazdasági Kamara (NAK), illetve a Magyar Gazdakörök és Gazdaszövetkezetek Szövetsége (MAGOSZ) hosszú ideje lobbizik azért, hogy a vízhez, mint termelési inputhoz a termelők méltányos és kiszámítható áron jussanak hozzá. Ezzel is segíteni kívánják az öntözött területek vízpótlásának biztosítását és az öntözésfejlesztést úgy, hogy hazánk megfeleljen az uniós irányelveknek.

A mezőgazdasági vízszolgáltatási díj két részből tevődik össze: egyrészt a víz rendelkezésére állását biztosító állandó díjból (pl. a rendszerhez kapcsolódó fenntartási munkálatok, üzemanyag-, bér- és anyagköltségek, jogszabályban előírt kötelezettségek, vizsgálatok költségei), másrészt a változó díjból (például a szivattyú üzemeltetési költsége).

A mezőgazdasági vízszolgáltatási díj megfizetését 2014-ben az állam egyszer már teljeskörűen átvállalta, azonban az Európai Bizottság 2016-os döntése értelmében vissza kellett vezetni. Ugyanis a Bizottság kötelezi a tagállamokat a költségmegtérülés elvének érvényesítésére, valamint a hatékony víz-árpolitika fenntartására, ezekhez köti az uniós támogatások kifizetését. A NAK és a MAGOSZ javaslatára azonban sikerült elérni azt, hogy fokozatosan kerüljön visszavezetésre a mezőgazdasági vízszolgáltatási díj, valamint, hogy ne a teljes, hanem a részleges megtérülés elvét alkalmazza hazánk. Ennek értelmében 2021-től a mezőgazdasági vízhasználók, a termelők a változó díj 100 százalékát, az állandó díjnak viszont csak az 50 százalékát fizetik meg, utóbbi másik felét az állam hosszú távon is átvállalta.