A MÁV Rt. közlekedési fejlesztési programjában prioritást kapott a Budapest elővárosi, majd a régióközponti, megyeszékhelyi elővárosi közlekedés fejlesztése.
Emellett párhuzamosan folyik a fővonali vasúthálózat fejlesztése, illetve a hosszú távú tervezése, amely Európai Uniós források bevonásával történik. A fejlesztéseket az Európai Unió előreláthatóan mintegy 100 milliárd forintos támogatásával valósítjuk meg. Jelenleg ISPA támogatásból zajlik a Vecsés - Szolnok vonalszakasz felújítása: megtörténik Vecsés, Üllő, Monor, Pilis, Ceglédbercel-Cserő, Cegléd, Abony állomások átépítése, minden állomáson új gyalogos aluljáró, széles peronok építése.
Megkezdődik az Albertirsa - Szolnok vonalszakasz átépítése 150 km/óra feletti sebességre, valamint a Vecsés - Albertirsa szakasz felújítása. Ugyancsak folyamatban van a Budapest - Hegyeshalom vasútvonal átépítése. Zajlik a Szajol - Mezőtúr és Békéscsaba - Lökösháza vonalszakaszok felújítása: Szajol - Mezőtúr között a hiányzó 2. vágány kiépítése, a vonalszakasz átépítése, Szajol és Tiszatenyő állomás biztosítóberendezés cseréje. Békéscsaba - Lökösháza között a pálya és felsővezeték egyaránt megújul. A Kohéziós Alap Támogatásából kezdődik meg a Gyoma - Békéscsaba és a Budapest- Ferencváros - Vecsés vonalszakasz felújítása: Budapest-Ferencváros - Vecsés között a pálya, biztosítóberendezés és felsővezeték felújítása, Pestszentlőrinc állomáson új biztosítóberendezés telepítése, Megvalósul Mezőtúr - Gyoma között a hiányzó 2. vágány kiépítése, mindkét vágány átépítése magasabb sebességre. Gyoma - Békéscsaba között kisebb felújítási munkák kezdődnek. Megvalósul Békéscsaba állomás átépítése, gyalogos aluljáróval, széles peronok építésével. Jelenleg a tervezési munka zajlik a Budapest- Székesfehérvár vonalszakasz, valamint a Szajol - Záhony vonalszakasz átépítésének előkészítésére. Mindkét projekt várhatóan szintén a Kohéziós Alap támogatásból valósul meg.
ISPA forrásból rekonstruálja a vasúttársaság a Budapest - Győr - Hegyeshalom, a Zalalövő - Zalaegerszeg - Boba, a Budapest - Cegléd - Szolnok vonalakat. A Szolnok - Békéscsaba - Lökösháza, a Budapest - Székesfehérvár - Boba, a Szolnok - Debrecen - Nyíregyháza, a Budapest - Dombóvár - Gyékényes, a Budapest - Hatvan - Nyíregyháza - Záhony vonalak felújítása a Kohéziós Alapból valósul meg. A MÁV Rt. kiemelt vasútfejlesztéseink színtere a páneurópai korridorok és a TINA hálózat magyarországi vonalszakaszai. Ezek a vonalak számottevő nemzetközi és hazai áru és személyforgalmat bonyolítanak le. A MÁV Rt. ennek megfelelően EIB forrásból végzi el az alábbi vasútvonalak felújítását: Budapest - Újszász - Szolnok, Cegléd - Szeged, Érd és Székesfehérvár állomások átépítése, Győr - Pápa - Celldömölk, Budapest - Esztergom, Budapest - Lajosmizse.
A MÁV Rt. folyamatosan kapcsolja be a megyeszékhelyeket az InterCity-közlekedésbe. Miskolc és Nyíregyháza után 2004 decemberétől Pécs - Budapest és Budapest - Pécs viszonylatban is közlekedik InterCity Rapid járat, amely csak Budapesten és Pécsett áll meg.
