A terület szigorú ellenőrzése és szankcionálása miatt sokan nem élnek a lehetőséggel, ezért nemzetgazdasági szinten jelentős kedvezménytől eshetnek el a vállalkozások, ami végső soron éppen a K+F tevékenységre fordítható forrásokat csökkenti. Ugyanakkor szakértő bevonásával, megfelelő gondossággal és szabályos „ügymenettel” kockázatok nélkül lehet élni a kedvezményekkel.
A megfelelő előkészítés egyértelműen megerősíti vagy kizárja, hogy jogosult-e az adott tevékenység a K+F kedvezményekre. Az óvatosság azonban nem árt, hiszen miközben az ellenőrzések száma évről évre csökken, a megállapított adókülönbözet arányaiban mindenképpen – de néha még összegszerűen is – nő, 2016-ban már elérte a közel 11 millió Ft-ot adó-ellenőrzésenként.
A megelőzés első lépése, hogy előzetes minősítést kérjenek az érintettek a Szellemi Tulajdon Nemzeti Hivatalától a K+F besorolásra. Ezt a NAV és minden más hivatal – kivéve a Nemzeti Kutatási, Fejlesztési és Innovációs Hivatalt – köteles elfogadni. Ugyan a projektek utólagos minősítése is lehetséges, ám az egyrészt drágább, másrészt – ha nem az adózó kéri, hanem az adóhatóság – akkor már nem segít a kockázatok csökkentésében, és az adózónak is kevesebb a hatása a minősítési döntésre.
Adótörvényeink lehetőséget biztosítanak a saját tevékenységi körben végzett kutatás-fejlesztési projekthez kapcsolódóan adóalap-kedvezmények, adott esetben társasági adó, helyi iparűzési adó és innovációs járulék kedvezmények igénybevételére.A 100 millió forint értékű, alapkutatást, alkalmazott kutatást vagy kísérleti fejlesztést szolgáló beruházás megvalósításához fejlesztési adókedvezmény igénybevételére is mód van. Lehetőség van a felmerült közvetlen költségek kétszeres – illetve bizonyos további feltételek mellett négyszeres – figyelembevételére. A szociális hozzájárulásból is igénybe vehető adókedvezmény. Továbbá a szabadalmakból, oltalmakból és szoftverek szerzői jogából származó eredmény jogdíjnak minősülhet, melyhez kapcsolódóan újabb kedvezményeket lehet érvényesíteni.
A félelem annyiban jogos, hogy a fejlesztési adókedvezménnyel megvalósuló vagy más módon támogatott projektek biztosan számíthatnak adóellenőrzésre. A legtöbb bírságot azért szabják ki, mert a felmerült költségek nem kötődnek közvetlenül K+F tevékenységhez, vagy ha nem a vállalkozás érdekében merültek fel. Az is jelentős probléma, ha az elkészült tanulmány nem tartalmaz „újszerűséget”. A K+F tevékenységgel kapcsolatban ugyanis ez alapvető elvárás. Sokan azonban sajnos „plagizálnak”, már létező vívmányokat mutatnak be saját újításként. Korábban ennek felismerése nehézkes volt a hatóság számára, de a Szellemi Tulajdon Nemzeti Hivatalának (SZNTH) 2012-es létrejötte óta „ál-K+F” tevékenységek már fennakadnak a szűrőn.
Ugyanakkor az is elképzelhető, hogy a valóban jóhiszemű adózókat is megbírságolják eljárási hibák miatt.Ez akkor történhet meg, ha a vállalkozás nem dokumentálja megfelelően a K+F tevékenységet.
A jogosulatlanul igénybe vett kedvezményeket vissza kell fizetni, ráadásul adóhiányt is eredményeznek, amelyre vonatkozóan az adóhatóság 50 százalék adóbírságot és a jegybanki alapkamat kétszeresének megfelelő késedelmi pótlékot vethet ki. A dokumentáció hiányosságait ezenfelül 500 ezer forintig terjedő mulasztási bírsággal is szankcionálhatja.