A Magyar Közlönyben közzétett és 2013. július 31-én hatályba lépő kormányrendelet szerint a Nemzeti Fejlesztési Ügynökséget a miniszterelnök irányítja, aki ezt a feladatot a Miniszterelnökséget vezető államtitkár útján látja el. A Nemzeti Fejlesztési Ügynökség (NFÜ) vezetésével kapcsolatos feladatokat Lázár János kormánybiztosként látja el 2013. augusztus 1. és 2014. május 31. között, és gyakorolja a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség elnökének teljes hatáskörét.
A kormányrendelet alapján a Miniszterelnökséget vezető államtitkár az európai uniós fejlesztési források felhasználásához kapcsolódó fejlesztéspolitikáért való felelőssége körében összehangolja a központi államigazgatási szervek európai uniós támogatási forrásokból finanszírozott országos szintű fejlesztéssel kapcsolatos tevékenységét, és követelményeket dolgoz ki a támogatáspolitikai intézkedésekhez.
A feladatai közé tartozik, hogy összehangolja az európai uniós támogatási források felhasználását, nyomon követi az európai uniós fejlesztési források felhasználásához kapcsolódó fejlesztéspolitikai programok végrehajtására javasolt intézkedések hatásait, és ezekről a kormányt tájékoztatja.
Emellett ellátja a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség és a közreműködő szervezetek döntéseivel összefüggésben kezdeményezett jogjogorvoslati eljáráshoz kapcsolódó feladatokat, és ellátja Nemzeti Fejlesztési Ügynökség irányításával összefüggő feladatokat, gyakorolja az ahhoz kapcsolódó hatásköröket.
A Nemzeti Fejlesztési Minisztériumnál új államtitkárság alakult, Horváth Attila Imre fejlesztés- és klímapolitikáért, valamint kiemelt közszolgáltatásokért felelős államtitkár vezetésével, és felel a nem uniós forrásokon alapuló fejlesztési célelőirányzatok kezeléséért, a zöldgazdaság fejlesztéséért, valamint hatáskörébe tartozik a területfejlesztés, a klímapolitika és egyes közszolgáltatások szabályozása.
A kormány 2006. július elsején hozta létre a Nemzeti Fejlesztési Ügynökséget a Nemzeti Fejlesztési Hivatal jogutódjaként a hosszú és középtávú fejlesztési és tervezési feladatok, az Európai Unió pénzügyi támogatásainak igénybevételéhez szükséges feladatok ellátására.
