Eddig csak kormányrendelet rendelkezett az APEH-ról, ám a Medgyessy-kormány úgy ítélte meg, hogy törvényi szabályozásra van szükség a jogállamiság alkotmányos elvének az adóztatás területén való maradéktalan érvényesülése érdekében.

A kormányzat a törvényi szintű szabályozást azzal is indokolja, hogy nem engedhető meg: az adóhatóság szervezete, vezetése és működése a politikai váltógazdaság által befolyásolható legyen. Ezért van szükség az APEH politikától független, szigorú szakmai működését garantáló, stabil törvényi szabályozásra. Értesüléseink szerint a törvényi szabályozást azért is nyújtotta be a kormány az Országgyűlésnek, mert amikor nyáron Király László György, az APEH elnöke elfogadta a felkérést a tisztségre, ezt feltételként szabta. A törvényjavaslat szerint ugyanis politikai cikluson átívelve, 6 évre nevezi majd ki a pénzügyminiszter az APEH elnökét, így ugyanis biztosítható lenne a szakmai kontinuitás, az adóhatóság működésének stabilitása és a politikai váltógazdaságtól való függetlenedése. A tervek szerint az elnök az államtitkári juttatások teljes körére jogosult lesz, azonban esetleges felmentése esetén az államtitkárokénál magasabb, 18 havi illetménye illeti meg végkielégítésként.

A törvényjavaslat szerint az APEH elnökének szakirányú felsőfokú végzettséggel, legalább 5 év közigazgatási gyakorlattal, öt éves vezetői tapasztalattal és kiemelkedő szakmai tekintéllyel rendelkező magyar állampolgár nevezhető ki. Az APEH elnökének kinevezését az Állami Számvevőszék elnöke előzetesen véleményezi, a jelöltet a pénzügyminiszter kezdeményezésére az Országgyűlés költségvetési bizottsága is meghallgatja.

A törvényjavaslat szerint az APEH elnök-helyetteseit és gazdasági vezetőjét határozatlan időre, az APEH elnökének javaslatára a pénzügyminiszter nevezi ki és menti fel. Esetükben az előfeltétel a szakirányú felsőfokú végzettség, legalább 5 éves közigazgatási gyakorlat és 3 év vezetői tapasztalat. Az informatikai elnök-helyettes esetében viszont eltekintenek az 5 éves közigazgatási gyakorlattól.

A személyi ügyek mellett az APEH-ról szóló törvényjavaslat azt is rögzíti, hogy a jövőben mind az APEH, mind a területi szervek önálló jogi személyiséggel rendelkeznek. Vagyis a jogi személyiség elnyerésével az igazgatóságok a polgári jog alanyaivá válnak, a polgári perben félként vehetnek részt, vagyis perelhetnek, illetve az APEH-től függetlenül perelhetők, a képviseletre jogosító meghatalmazás kiadása nélkül. A megyei (fővárosi) igazgatóságok tehát félként vehetnek részt különösen a közigazgatási jogkörben okozott kár megtérítése iránt indított perekben, a végrehajtási igényperben és a szerződéskötések körében.

A törvényjavaslat felsorolja az Adó- és Pénzügyi Ellenőrzési Hivatal feladatait is, amelyek közül a leglényegesebb az államháztartás bevételeit garantáló adóztatási tevékenység. Az APEH jogosítványai közé tartozik az is, hogy a felszámolási és a végelszámolási eljárásokban a központi költségvetést, az elkülönített állami pénzalapokat, illetve a Nyugdíjbiztosítási és az Egészségbiztosítási Alapot megillető követelésről lemondhat, ideértve annak engedményezését is. A felszámolási eljárásokba befagyott adóköveteléseknek a minél kedvezőbb engedményezésének biztosítása érdekében a jövő évtől megszűnik a Magyar Követeléskezelő Részvénytársaság kizárólagos engedményezési státusza, ezt követően az APEH engedményezési jogát kizárólag pályáztatás útján gyakorolja.

A törvényjavaslatban rendezik a szervezeten belüli felügyeleti, irányítási viszonyokat és a hatósági eljárásra vonatkozóan meghatározzák a felettes szervek rendszerét is. E szerint nem változik a jogorvoslati fórumrendszer: első fokon a megyei (fővárosi) igazgatóságok, másodfokon pedig a Központi Hivatal jár el. Ez utóbbi döntésével kapcsolatban jogszabálysértés esetén rendkívüli jogorvoslatként az APEH elnöke felügyeleti intézkedést tehet.