A délkelet-ázsiai országok túlnyomórészt a három fő vallás egyikét követik: a buddhizmust, az iszlámot vagy a kereszténységet. A buddhizmus érkezett először az 1–3. század között a térségbe, indiai és kínai kereskedőkön keresztül. Ennek ellenére ezt a vallást a délkelet-ázsiai lakosság csak mintegy 35-38 százaléka gyakorolja, az iszlám után a második helyen.

Kambodzsában és Thaiföldön, ahol a lakosság több mint 90 százaléka buddhista, a Pew Research által megkérdezett tízből csaknem kilenc ember azt mondta, hogy nemzeti identitásuk szempontjából fontos vallásuk.

Az iszlám a 7. században érkezett meg az arab kereskedőkkel együtt. Indonéziának – a világ negyedik legnépesebb országának – több mint 85 százaléka muszlim vallású, ami elősegíti, hogy az iszlám Délkelet-Ázsia egészének többségi vallása legyen.

Utoljára a 16. században európai misszionáriusok hozták be a kereszténységet a régióba. A keresztények többsége katolikus. A Fülöp-szigetek több mint 110 millió fős népességével 2023-ban a világ 13. legnépesebb országa. Dél- és Délkelet-Ázsia államai közül az egyetlen döntően keresztény vallású állam, amely tükröződik kultúrájában, építészeti hagyatékában, a gyarmati stílusú templomokban, házakban, helység-, vezeték- és keresztnevekben is.