A Győr-Sopron-Ébenfurti Vasút tájékoztatása szerint 2004-ben is folytatták és folytatják a teljes személyszállító kocsipark felújítását, hogy szolgáltatásaikat a mai kor követelményeinek megfelelő színvonalon tudják végezni. A korábbi beszerzések homogén gépparkjához illeszkedett annak a beruházásnak az előkészítése, amely az árufuvarozás és a személyszállítás vontató parkjának a modernizációját célozta meg.

A 2004-es esztendő nagy jelentőségű döntése volt, hogy a társaság székhelyét áthelyezték Sopronba. Erre több oka is volt: az egyik, hogy a reálfolyamatok közvetlen közelében legyen a GySEV Rt. központja, s ezáltal még nagyobb hangsúlyt kapjon a regionalitás. A döntés azt a célt is szolgálta, hogy megszüntessék a cégen belüli párhuzamos tevékenységeket, a székhely áthelyezésével komoly szervezeti fejlesztés bázisát alapozták meg. Ennek legfontosabb eleme az, hogy az osztrák és a magyar üzemág elkülönültségét megszüntették: egy-egy szervezetbe tartozik az infrastruktúra, a kereskedelmi, az árufuvarozási vállalkozó vasúti tevékenység, függetlenül attól, hogy a tevékenység melyik ország területén folyik.

A tulajdonosok által elhatározott és végrehajtott tőkeemelés egyensúlyba hozta a vállalat befektetett eszköz/saját forrás arányát. A befizetett 677 millió forint azonban csupán egy öt éves folyamat kezdete, annak első, meghatározó eleme volt.

Áruszállításukban a Dél-Kelet-Európában tapasztalható gazdasági fellendülésnek köszönhetően - amelyre a társaság időben és érdemben reagált - (elsősorban a Görögország rendezte athéni olimpia, s Törökország gazdasági fejlődése javította jelentősen a mutatókat) - a részvénytársaság növelte tranzit forgalmát.

A belföldi forgalomban elszállított 538 ezer tonna mind a bázist, mind a tervezettet meghaladta. Ezt elsősorban a kedvező cukorrépatermésnek, illetve ezzel összefüggésben a cukorgyári szállítások növekedésének köszönheti a Gysev.