A tagállamoknak 2018-ig jelentős előrelépést kell felmutatniuk a vízminőség területén. El kell érniük, hogy ne lépjék túl az egyes anyagok megengedett maximális koncentrációját, és az éves átlagos értékeket is tilos lesz átlépniük. A jogszabálytervezet által felsorolt 33 veszélyes anyag közül 13-at - köztük a kadmiumot és a higanyt - már eddig is elsőbbségi veszélyes anyagként tartottak számon.

A képviselők azt kérik a Bizottságtól, vizsgálja meg, ki lehet-e bővíteni a veszélyes anyagok listáját további 13 anyaggal (pl. dioxinok, PCB, biszfenol). A Bizottság a 13 újabb anyagról az irányelv hatályba lépése után két évvel, 2011-ben dönthetne. A Bizottság az új anyagokra 2013-ban új környezetvédelmi előírást javasol. A tagállamoknak 2015-re kell benyújtaniuk vízgyűjtő-gazdálkodási terveiket.

A szennyezési források közelében nem lehet gyorsan alkalmazkodni az új környezetvédelmi előírásokhoz. Vannak úgynevezett keveredési zónák, ahol a szennyező anyagok koncentrációja átlépheti a megengedett határértéket. A keveredési zónák értéktúllépése csak abban az esetben lesz megengedett, ha a felszíni víz egésze emiatt nem lépi át a megengedett határt.

A képviselők garantálnák, hogy a tagállamok az elérhető legjobb vízgazdálkodási technikákat alkalmazzák keveredési zónák megállapítása során. A keveredési zónák kiterjedését csökkentő intézkedéseket részletezni kell az adott állam vízgazdálkodási tervében.

2009-re a tagállamoknak lehetőleg térképekkel ellátott felmérést kell készíteniük a szennyező anyagok és elsőbbségi veszélyes anyagok kibocsátásáról, kiöntéséről, az általuk okozott károkról, a bióták és az üledékek állapotáról a folyómedrek mentén és a környező területeken. Az irányelvet várhatóan 2008-ban fogadják el, és leghamarabb 2010-ben léphet hatályba.