A 2008-ban indult és 2012-ig tartó második kereskedelmi időszakban 6,5 százalékkal csökkent a kibocsátási egységek száma. „A három százalékos csökkenés részben a vállalatok kibocsátásuk csökkentése érdekében tett erőfeszítéseit tükrözik, válaszul a szén-dioxid magas árára és a gazdasági visszaesésre" - mondta Sztavrosz Dimasz, a környezetvédelemért felelős európai biztos, hozzátéve, hogy az ETS-nek köszönhetően a tagállamok a kibocsátásukat költséghatékonyan csökkenthetik, amely ösztönzést jelenthet más országoknak is hasonló rendszerek kiépítésére.

Az ETS hatálya alá tartozó uniós létesítmények 2008-as kibocsátása összesen 2 118 milliárd tonna szén-dioxid egyenérték volt, amely 3,06 százalékos csökkentést jelent 2007-hez képest. A kibocsátás annak ellenére csökkent, hogy a huszonhét tagállam GDP-je ebben az időszakban 0,8 százalékkal nőtt.

Ugyan a gazdasági válság érzékenyen érintette az ETS hatálya alá tartozó vállalkozásokat, a kibocsátás csökkenésében nagy szerepet játszottak a létesítmények által véghezvitt beruházások, amelyek a károsanyag-kibocsátás csökkentését célozták.  Az ETS-ben 2008-ban 11 359 létesítmény vett részt, amely 213-mal kevesebb a 2007-es számnál. A csökkenés oka, hogy az előírások változása miatt több kisebb létesítmény kikerült a rendszerből.

Magyarország kibocsátása a 2007-es 26 836 758 tonna szén-dioxid egyenértékről 27 245 046-ra nőtt, miközben az ETS hatálya alá tartozó létesítmények száma 245-ről 237-re csökkent.