A FUNCODE (Fungal comparative ENCODE Project) projekt, mely egy különleges pályázati felhívás egyik sikeres indulója, a biotechnológiai szempontból legfontosabb gombák teljes génszabályozási hálózatainak feltérképezését célozta meg. A projekt újgenerációs szekvenálási és rendszerbiológiai technológiákra épít, többek között az ún. lignocellulóz előállítását kutatja, amely a bioüzemanyag-iparban is fontos szerepet játszik

A FUNCODE projekt e területek vezető kutatócsoportjait fogja konzorciumba amelyet kiegészítenek a Joint Genome Institute genomikai kapacitásai. A gomba-biotechnológiának már ma is számos eredményét használják az iparban sikerrel. Így például számos nagy hatékonyságú lignocellulóz-bontó enzim ismert, azonban továbbra is kérdés, hogyan lehet még jobb ipari tulajdonságokkal rendelkező törzseket előállítani. Itt kerülnek a középpontba a FUNCODE fő célpontjai, a génszabályozási hálózatok.

A FUNCODE projekt célja, hogy feltérképezze a választott 5 génszabályozási hálózatait. Az ezt célzó technikák már régóta elérhetőek a biológusok számára, azonban kapacitásuk korábban igencsak korlátozott volt. A gombák géntérképének elkészítése előre lendítheti az 5 FUNCODE-gombafaj lignocellulóz-bontó képességének kutatását és soksejtűségük alapjainak megismerését, ami végeredményben a gyakorlatban is alkalmazható eredményeket adhat a biotechnológiai ipar számára.