A hivatal által beszedett adó- és járulékbevétel 2006-ban 7.163,8 milliárd forint volt, 8 százalékkal több az előző évi 6.631,9 milliárd forintnál. A legtöbb bevétel az államháztartás likviditását is jelentősen befolyásoló úgynevezett kiemelt adónemekből származott. A bevételek 34,5 százalékát, a tb-, 25,6 százalékát az áfa-, 22,1 százalékát az szja-, 6,5 százalékát a társasági adó, 1,5 százalékát az eho-, 9,8 százalékát az egyéb bevételek adták.
Az adóhatóság az ellenőrzések során tavaly 302,2 milliárd forint nettó adókülönbözetet tárt fel, jóval többet az előző évi 202,7 milliárd forintnál. Az APEH feladatai az idei évtől jelentősen bővültek, integrálta az illetékhivatalokat és a Szerencsejáték Felügyeletet, s a hivatal kezeli most már a magánnyugdíjpénztárak részére történő befizetéseket, a foglalkoztatói bejelentéseket is.
Kiemelt ügyfelek
Eközben az APEH szervezete is változott, a korábbi megyei igazgatóságok helyett regionális igazgatóságok jöttek létre, s átalakult a Kiemelt Adózók Igazgatósága (KAIG) is. Az átszervezés eredményei Szikora János szerint már látszanak az ellenőrzési, a végrehajtási és szolgáltatási területen is. Juhász István, a KAIG igazgatója a konferencián elmondta, hogy az országos illetékességűvé vált KAIG az adóhatóság első fokon eljáró szervezete, illetékessége néhány kivétellel kiterjed minden, az adóhatóság hatáskörébe tartozó ügyre. A "szuper revizor csapat" bármely adónemben országos ellenőrzéseket végezhet, olyan adózóknál (magánszemélyeknél is) is, akik nem tartoznak a KAIG-hoz.
Az 500 fővel működő igazgatóság tevékenysége három területet ölel fel: a 631 kiemelt (2,2 milliárd forintnál nagyobb adóteljesítményű) adózó ügyeit, a központosított ellenőrzéseket, valamint a kizárólagos illetékességű ügyeket (külföldön bejegyzett vállalkozások, diplomáciai testületek, az APEH, a fegyveres testületek dolgozói). A KAIG-hoz tartozó kör adóteljesítménye nagy, a 15 ezer milliárd forint éves adóteljesítményből 5.300 milliárd forint a kiemelt, közel 500 milliárd pedig a kizárólagos illetékességű adózóktól származik.
Az új típusú központosított ellenőrzés keretében az országhatáron belüli és határon túlnyúló körbeszámlázásos ügyeket, értékesítési láncolatokat, transzferár ügyeket, színlelt szerződéseket ellenőrzi az igazgatóság. A KAIG-hoz tartozik a technikailag jól felszerelt rapid egység is, amely egy-két órán belül a helyszínen terem, és egyszerre egy vállalat több telephelyét is ellenőrizni tudja.