Az EP számos ponton növelte a kutatásra és fejlesztésre fordítható összegeket. A parlamenti szavazás alapján többet kap a versenyképességi és innovációs program, és 3 millió euróval 100 milliósra növelték a (műholdas helymeghatározáson alapuló szolgáltatások nyújtására szolgáló) Galileo jövő évi költségvetését is.
Az EP kisebb mértékben ugyan, mint korábban tervezte, de emelte a strukturális alapokra fordítható kifizetéseket. A fenntartható fejlődésre (első fejezet) összesen 54,3 milliárd (kötelezettségvállalás), illetve 44,9 milliárd (kifizetés) jut jövőre.
A Parlament nem ért egyet a közös agrárpolitika költségvetésének a Tanács által javasolt megrövidítésével. Az EP nyilatkozatot adott ki arról, hogy 15 millió euró biztosításával garantálják a Life+ program zavartalan működését a 2007-es kezdés és a megfelelő jogi alap elfogadása közötti átmeneti időszakban. A természeti erőforrások fejezeti főösszege 56,2 milliárd (kötelezettségvállalás), illetve 54,7 milliárd euró.
Az EP 170 millió euróra emelte a külsőhatár-védelmi alap költségvetését és elfogadta, az uniós közös kül- és biztonságpolitika (kkbp) 159,2 millió eurós költségvetését, a Tanács pedig ígéret tett: időben és megfelelően tájékoztatja a Parlamentet az e területen tervezett akciókról és döntésekről.
Az EP elutasította a Tanács javaslatát az európai bizottsági álláshelyek csökkentéséről. A képviselők ugyanakkor ragaszkodnak ahhoz, hogy alaposan vizsgálják meg a bizottsági posztok szükségességének kérdését. A Parlament erről 2007. április 30-ig vár átfogó jelentést.
További információ: Európai Parlament Sajtószolgálat