A Natura 2000 területek tulajdonosai ezzel együtt azt tapasztalták, hogy ingatlanaiknak jelentősen csökkent a kereskedelmi értéke a korlátozott beruházási lehetőségek miatt. Ezért az ingatlanok tulajdonosai és a beruházók számára fontos kérdés, hogy hogyan lehetséges egy Natura 2000 besorolású területet kivenni a természetvédelmi rendszer hatálya alól, ha az adott ingatlan véleményük szerint valójában már nem szolgál természetvédelmi célokat. „A természetvédelmi hatóságok jellemzően rugalmatlanul kezelték az ilyen indítványokat. Ezen a gyakorlaton azonban változtathat az Európai Bíróság egyik nemrég megjelent ítélete.” – ismertette dr. Varga Dániel, a Schönherr Hetényi Ügyvédi Iroda ügyvédje.
A Natura 2000-es területek jelentőségét természetvédelmi besorolásuk mellett az adja, hogy azokon rendkívül szigorú feltételek mellett lehet a természetvédelmi céltól eltérő, a területre előreláthatólag jelentős hatással lévő beruházást (pl. autópálya építést, gyárépítést vagy bővítést, erőmű fejlesztést) megvalósítani. A beruházás hatásairól részletes hatásbecslést kell készíteni, ami alapján meggyőzhetőek a természetvédelmi hatóságok arról, hogy a beruházás nem fogja hátrányosan befolyásolni az adott természeti terület épségét. Ha a hatásbecslés kedvezőtlen eredménnyel zárul, akkor csak kiegyenlítő intézkedések mellett lehet olyan társadalmi vagy gazdasági érdek alapján engedélyezni a beruházást, ami felülírja a természetvédelmi érdekeket. Ilyen társadalmi vagy gazdasági érdeket pedig rendkívül nehéz valószínűsíteni egy magánérdekeket szolgáló beruházás (pl. új termelő egységek kiépítése) esetén.
A Natura 2000 természetvédelmi rendszerébe a tagállamok javaslata alapján a Bizottság jogosult területeket felvenni vagy abból törölni. A Natura 2000 hatálya alóli kikerülés sokszor igen nehezen ment a természetvédelmi hatóságok hozzáállása miatt. Az Európai Bíróság viszont egy áprilisban megjelent ítéletében szokatlanul határozott hangon mondta ki, hogy a tagállamok kötelesek javaslatot tenni az Európai Bizottságnak egy Natura 2000 terület visszaminősítésére (tehát a rendszerből való kikerülésre), ha a terület tulajdonosa ezt kéri és bizonyítja, hogy a terület környezetromlása miatt a terület nem tud hozzájárulni a Natura 2000 természetvédelmi céljaihoz.
„Ha egy tagállam nem tesz eleget a fenti kötelezettségének, akár az ingatlan tulajdonosa is kötelezettségszegési eljárást kezdeményezhet ellene az Európai Bizottságnál. Ezen túlmenően, ha olyan területet tart egy tagállam a Natura 2000 hatálya alatt, ami a természetvédelmi célok alapján nem oda tartozna, akkor az Emberi Jogok Európai Bírósága előtt is eljárás kezdeményezhető a tulajdonjog indokolatlan korlátozása miatt.” – hívta fel a figyelmet a Schönherr Hetényi Ügyvédi Iroda.