Magyarország az M43-as autópálya Szeged és Makó közötti szakaszának megépítéséhez és a Kelenföld-Székesfehérvár-Boba vasútvonal átépítéséhez kapott strukturális támogatást az Európai Regionális Fejlesztési Alapból és a Kohéziós Alapból. A támogatás összegének meghatározása kapcsán a projekt költségeihez kapcsolódó áfa összegét is költségként kívánta a magyar állam elszámolni, azonban ezt egy 2010-es határozatában elutasította az Európai Bizottság. Ezt a határozatot támadta meg Magyarország az uniós törvényszék előtt.
A vita elsősorban a támogatást szabályozó EU rendeletek értelmezése körül folyik. Ezek kimondják, hogy a Kohéziós Alapból nem lehet támogatni a visszaigényelhető áfát. A magyar álláspont szerint a nagyprojekt kedvezményezettjeként szereplő Nemzeti Infrastruktúra Fejlesztő Zrt. - az uniós és a hazai áfa-szabályokkal összhangban - nem adóalany, vagyis nem igényelheti vissza a rá áthárított előzetesen felszámított adót. Az ilyen vissza nem igényelhető áfát tehát támogatásra alkalmasnak kellene tekinteni.
A 2010-ben indult per jelenleg az Európai Bíróság elsőfokú fóruma, az Európai Törvényszék előtt folyik, és kérdéses, mikor születhet ítélet. Ha a Törvényszék első fokon elutasítja a magyar állam keresetét, még mindig van mód a jogorvoslatra az Európai Bíróság előtt. Az azonban bizonytalan, hogy egy esetleges pervesztesség esetén honnan fogja előteremteni a költségvetés a hiányzó összegeket.
"Az utóbbi időben jelentősen megszaporodtak az Európai Bíróság előtt a Magyarországot érintő adóügyek. Legutóbb az áfa-levonási jog feltételeinek magyarországi korlátozása miatt ítélte el az Európai Bíróság hazánkat, melynek következtében több százmilliárd forintos hiány keletkezett a költségvetésben. Az ítélet hatására az áfa-törvényt is módosítani kellett, és az új rendelkezések mindenki számára egyformán hátrányos szabályokat vezettek be. Ezek a tények is jól mutatják, hogy egyre inkább közvetlenül is érezhetjük az uniós intézmények befolyását." - hívja fel a figyelmet dr. Békés Balázs, a Faludi Wolf Theiss Ügyvédi Iroda adópartnere.
Az állami támogatásokkal kapcsolatos áfa-levonási jogot érintette egy korábbi bírósági eset is (a "PARAT" ügy), ahol az Európai Bíróság szintén a magyar áfa-szabályok uniós jogba ütközését állapította meg. Itt azokat a szabályokat kellett módosítani, melyek nem tették lehetővé az áfa-levonási jog teljes-körű gyakorlását az olyan beszerzésekkel kapcsolatban, amelyek állami támogatásból valósultak meg.
"Az Európai Bíróság nemcsak áfa-kérdésekben vizsgálja a magyar adórendszer megfelelőségét. Korábban a helyi iparűzési adót, a regisztrációs adót és az illetékeket is tárgyalta már az uniós bírói testület. Az ítéletek egy része ve kedvező, más esetekben viszont súlyos pénzügyi következmények hárulnak hazánkra. Az Európai Bíróság előtt kezdeményezett magyar adóügyek sorát tovább gyarapítja a távközlési különadó ügyében márciusban bejelentett eljárás, melyet az Európai Bizottság terjesztett elő. Kiemelt jelentőségű ügyről van szó, hiszen egy esetleges negatív döntés súlyos költségvetési következményekkel járhat hazánkra nézve." - mondta el dr. Békés Balázs.