A transznacionális program legfőbb célkitűzése, hogy gazdasági, földrajzi, vagy társadalmi szempontból egy területi egységként értelmezhető, de több országból álló területek közösen keressenek megoldásokat a térséget érintő problémákra.
Magyarország a délkelet-európai transznacionális programon belül kiemelt szerephez jut, mert a program kulcsintézményei Magyarországon fognak működni:
- Irányító Hatóság (IH) - Nemzeti Fejlesztési Ügynökség,
- Igazoló és Audit Hatóság - Pénzügyminisztérium,
- Közös Szakmai Titkárság (KSzT) - VÁTI Kht.
A 2006-os EU Bizottság javaslatából kiindulva a délkelet európai együttműködési program az alábbi tervezett prioritások mentén épül fel:
- Innováció és vállalkozások támogatása: a technológiai és az innovációs hálózatok speciális területeken történő fejlesztésének támogatása, és kedvező környezeti feltételek kialakítása az innovatív vállalkozások segítése érdekében
- Környezet védelme és fejlesztése: az integrált vízgazdálkodás fejlesztése és az árvizek megelőzése, hatékony energia- és erőforrás-felhasználás
- Az elérhetőség javítása: a közlekedési hálózatok fejlesztése a koordináció, a tervezés és a működtetés fejlesztésével, különböző stratégiák kifejlesztése a digitális világ kettészakadásának megakadályozása érdekében;
- Fenntartható városfejlesztés: a növekedési térségek vonzásképességének és megközelíthetőségének támogatása.
A program költségvetését az Európai Regionális Fejlesztési Alap biztosítja a résztvevő tagállamok allokációjának megfelelően. A tervezett költségvetés a 2007-2013-as időszakra Magyarországon 21,3 millió euró.
