Ha francia és olasz kávét iszunk, nagy eséllyel a Coffea arabica valamelyik típusából készült lét szürcsölgetünk. Nevével ellentétben főleg Dél-Amerikában termesztik. Erősebb, nyersebb az íze a Robustának (Coffea canephora). Ez utóbbit a kávékészítők gyakran dolgozzák egybe az előbbivel, némelyikük azért, hogy titokban a „100 százalék Arabica” termékeket felhigítsák. A harmadik nagy fajta a Coffea liberica, amit Nyugat- és Közép-Afrikában termesztenek. Ezt inkább trópusi országokban használják a vendéglátóiparban, északra már kevesebbet visznek belőle, mert keserűbb az íze.
Nagyjából 38 további fajta létezik még, melyekről úgy tudják vagy vélik, hogy a pollen (virágpor) átkerül róluk a piacra dobott fajtákra is. Aztán van még 82 további fajta, melyek távoli rokonai a cégek által használt forgalmazott kávéfajtáknak. Létük felértékelődhet, hiszen a vadon élő kávéfajták 60 százaléka a kihalás szélén áll, derült ki az angliai Kew Royal Botanic Gardens új kutatásából.
Az említett 82 fajt tudósok laboratóriumokban keresztezhetnék a kommersz fajtákkal, hogy segítsék a kávéfajok genetikai elaszticitását, genetikai sokszínűségük megőrzését, amivel jobb esélyeik lehet megbirkózni a különféle fertőzésekkel. A klímaváltozás természetesen a kávé-terméshozamra is hat, ahogy átalakulnak a csapadékviszonyok. A változó éghajlat még inkább sérülékennyé teszi a növényeket.
A huszadik század elején már végigsöpört egy nagy járvány a kávéfajtákon Afrikában és Ázsiában, majd az ezredfordulóra elérte Dél-Amerikát. Mindegyik nagy kávétermesztő országot elérte már a gombás fertőzés. 2011-2012-ben Közép-Amerikában a fertőzés a kávéültetvények 70 százalékát érintette a régióban. Közel 1,7 millió ember veszítette el a munkáját és 3,2 milliárd dollárnyi bevételtől estek el az érintett cégek és munkavállalók. A Robusta fajtáit már használták keresztezésre, hogy a kávéültetvények ellenállóbbak legyenek az Arabica leveleinek elfertőzédése ellen. A vadon élő fajtákat már használják a kávéipar szereplői, összekeverve azokat a kommersz fajtákkal.
A veszélybe került fajok megőrzése azért is nehéz, mert a kávé magjai nem alkalmasak a hosszútávú megőrzésre (mint például a gabona vagy a kukorica), így a vetőmagbankok -mint például az északi-sarki vetőmag-bunker- sem tudnak segíteni, hogy egy újabb fertőzéshullám esetén előrántsuk egy kis vetőmag-tartalékot. Az alternatíva az lehet, hogy laboratóriumi csészékben és csövekben növesztenek új mintákat, illetve lefagyasztják őket.
Szakértők úgy vélik, hogy a legcélravezetőbb megoldás az lehet, ha a biológiai sokszínűség megérzésének alapelvét belevennék a kávétermelést szabályozó megállapodásokba, mint amilyen a Fair Trade egyezmény vagy Rainforest Alliance minősítési folyamata - és ennek szavatolásában a szakemberek együtt dolgoznának a helyi gazdákkal.
