Az Emberi Erőforrások Minisztériumának (Emmi) irányítása alatt álló hivatalok esetében az egyik legfontosabb változás, hogy legkésőbb január 1-jétől az Országos Nyugdíjbiztosítási Főigazgatóság névváltoztatással Nemzeti Családtámogatási és Társadalombiztosítási Hivatalként működik tovább, amely átveszi az Országos Egészségbiztosítási Pénztár (OEP) pénzbeli ellátásokkal, baleseti táppénzzel és utazási költségtérítéssel kapcsolatos feladatait is. A Nemzeti Családtámogatási és Társadalombiztosítási Hivatal ugyanakkor 2017. március 31-i határidővel a Magyar Államkincstárba olvad. Az OEP egyebekben az Emmi része lesz. A kormány egyúttal felkérte Mészáros Józsefet, hogy kormánybiztosként hajtsa végre ezeket a feladatokat.
Szintén a minisztériumba olvad be a Család-, Ifjúság- és Népesedéspolitikai Intézet; a Türr István Képző és Kutató Intézet; az Országos Betegjogi, Ellátottjogi, Gyermekjogi és Dokumentációs Központ; valamint az Országos Tisztifőorvosi Hivatal.
A Magyar Nemzeti Digitális Archívum és Filmintézet is megszűnik, feladatait a Magyar Nemzeti Filmalap látja majd el. Megszűnik továbbá a Nemzeti Művelődési Intézet, ennek feladatai a Lakitelken működő Népfőiskola Alapítványhoz kerülnek, az Oktatáskutató és Fejlesztő Intézeté pedig a Könyvtárellátó Nonprofit Kft.-hez.
A Design Terminál Nemzeti Kreatívipari Központ jogutódlás nélkül megszűnik költségvetési szervként, de új keretek között, részben piaci alapon működő intézményként, az EMMI-vel szoros együttműködésben folytathatja munkáját.
A Földművelésügyi Minisztérium esetében az Országos Környezetvédelmi és Természetvédelmi Főfelügyelőség a Pest Megyei Kormányhivatalba olvad be, a Földmérési és Távérzékelési Intézet pedig a fővárosi kormányhivatalba.
Jogutódlással megszűnik a Mezőgazdasági és Vidékfejlesztési Hivatal és a Nemzeti Földalapkezelő Szervezet is, feladataik máshová kerülnek.
A Nemzeti Élelmiszerlánc-biztonsági Hivatal hatósági feladataiban a fővárosi és megyei kormányhivatalok járnak majd el.
A Belügyminisztériumba (BM) olvad a Közszolgálati Személyzetfejlesztési Főigazgatóság, valamint a Közigazgatási és Elektronikus Közszolgáltatások Központi Hivatala.
A Honvédelmi Minisztériumba olvad (HM) több, jelenleg is HM-es hivatal, így például a HM Nemzeti Rendezvényszervező Hivatal.
Az Igazságügyi Minisztérium (IM) irányítása alatt álló Igazságügyi Hivatal az IM-be kerül, az Igazságügyi Szakértői és Kutató Intézetek pedig összeolvad a BM-irányítás alatt lévő Bűnügyi Szakértői és Kutatóintézettel.
A Külgazdasági és Külügyminisztériumba olvad a Balassi Intézet, a Külügyi és Külgazdasági Intézet feladatait pedig a Demokrácia Központ Közalapítvány veszi át.
A Miniszterelnökségnél a tárcába olvad a Közigazgatási és Igazságügyi Hivatal, valamint a Forster Gyula Nemzeti Örökségvédelmi és Vagyongazdálkodási Központ.
A fővárosi kormányhivatalhoz kerül a Magyar Kereskedelmi és Engedélyezési Hivatal, és a kormányhivatalok járnak majd el a Nemzeti Szakképzési és Felnőttképzési Hivatal hatósági feladataiban is.
A fejlesztési minisztériumot illetően a tárcába olvad a Közlekedésbiztonsági Szervezet, a Közlekedésfejlesztési Koordinációs Központ, a Nemzeti Fogyasztóvédelmi Hatóság és a Nemzeti Közlekedési Hatóság.
A minisztereknek előterjesztést kell készíteniük a kormánynak az irányításuk alá tartozó költségvetési szervek most elrendelt átalakításáról. A nemzetgazdasági miniszternek a szükséges költségvetési módosításokat is be kell nyújtania. A határozat megjegyzi ugyanakkor, hogy az előirányzatok 2017. évi szintre hozásánál a 2016-os eredeti költségvetésében meghatározott, valamint az idei szerkezetváltozásból eredő többlet személyi juttatások és az azokhoz kapcsolódó munkaadókat terhelő járulékok és szociális hozzájárulási adó átvétellel arányos részének 80 százaléka vehető figyelembe mind az átvevő központi, mind az átvevő területi államigazgatási szerveknél.
