„Az EU tagállamokat érintő fenyegetés az iszlamista, továbbá etno-nacionalista és szeparatista terrorizmus részéről továbbra is magas, éppen ezért a bűnüldöző szerveknek készenlétben kell állniuk a terrorista csoportok és szervezetek megakadályozására és leszerelésére" - mondta Mariano Simanca, az Europol igazgatóhelyettese. Az összesen 515 végrehajtott, illetve tervezett támadásból 397 köthető szeparatista szervezetekhez, amelyeknek 97 százaléka Spanyolországban és Franciaországban történt.

2008-ban négy ember - köztük egy bűnüldöző tiszt - halt meg az EU-ban az ETA baszk szeparatista szervezet által elkövetett merényletekben. Franciaországnak a korzikai szeparatisa terrorizmussal kellett megküzdenie, míg Görögországban az Epanasztatikosz Agonasz („Forradalmi Harc") csoport által alkalmazott erőszak erősödött. Az ír nacionalizmus továbbra is aggodalomra ad okot, ahogy azt az észak-írországi merényletek is bizonyítják. Az IRA különböző szeparatista csoportjai két brit katonát és egy rendőrt öltek meg.

A nacionalista és szeparatista csoportok dominanciájának ellenére az iszlamista terroristák is aktívak maradtak az unióban, 2008-ban 187 ilyen csoporthoz köthető letartóztatás történt Franciaországban, az Egyesült Királyságban és Spanyolországban. A terrorizmushoz szükséges források előteremtéséhez a terroristák bűncselekmények széles körét követik el (például csalást, hamisítást, betörést, zsarolást).