Szakmailag indokolttá vált a fajta védelme és génállományának megőrzése, miután a hazai gyapjúipar háttérbe szorulásával a korábban keresett merinó gyapjú szinte értéktelen melléktermékké vált, és a piaci igények változása miatt a felhasználás a húshasznú fajták irányába tolódott el.
A hazai juhállományban bekövetkezett változások a magyar merinó törzsállomány szűküléséhez vezettek. A törzskönyvezett anyajuhok száma négyezerre, a törzstenyészetek száma pedig 36-ra csökkent 2013-ra, miközben a hazai juhállomány összességében emelkedett. Ez év június 1-jén a juhállomány 1,3 millió, az anyajuhok száma pedig 881 ezer volt, ami 63 ezerrel, illetve 39 ezerrel volt több a múlt év júniusi adatokhoz képest.
Az Európai Mezőgazdasági Vidékfejlesztési Alapból a védett őshonos és a veszélyeztetett mezőgazdasági állatfajták genetikai állományának tenyésztésben történő megőrzésére igényelhető támogatások alapján a juhok esetében a génmegőrző állományok egyedenként 45 euró - mintegy 13 000-14 000 forint, a fajtafenntartó állományok esetében pedig egyedenként 24 euró - 7200 forint - támogatás vehető igénybe.
