A tanácskozás egyik célja, hogy a tagállamok kialakítsák közös álláspontjukat az Európai Bizottság ipari kibocsátásokról szóló irányelv-javaslatáról. A készülő új jogszabály érvénybe léptetésével a talaj és a talajvíz rendszeres ellenőrzése révén biztosítani lehet ezeknek a környezeti elemeknek az eddigieknél magasabb szintű védelmét a veszélyes anyagok által okozott szennyeződések ellen. A nagy tüzelőberendezések kibocsátásának további csökkentése hozzájárulhat a levegőszennyezésekre vonatkozó stratégia végrehajtásához, valamint elősegítheti ezen célkitűzések egészségügyi és környezetvédelmi hatásainak érvényesülését. A jogszabály elfogadásához a tagállamoknak az Európai Parlamenttel is egyetértésre kell jutniuk.
A tanácson napirenden szerepel a géntechnológiával módosított szervezetekre vonatkozó jelenleg hatályos közösségi szabályozás lehetséges módosításának kérdése is. A széleskörű politikai és civil összefogásnak köszönhetően az Európai Unió Környezetvédelmi Tanácsa március 2-i brüsszeli tanácskozásán a MON810 génmódosított kukoricafajta köztermesztésére vonatkozó magyar tilalom fenntartása mellett foglalt állást, így hazánkban továbbra is tilos a génmódosított növények termesztése.
Az ülésen ugyanakkor elhangzott, hogy egyes GMO-kkal kapcsolatos aggályokra, illetve a szociális és gazdasági problémákra a hatályban lévő uniós GMO szabályozás nem ad megfelelő választ. Megoldás lehetne, ha a GM élelmiszerek és takarmányok behozatalának engedélyezése és kereskedelme továbbra is uniós hatáskörben maradna, de a GMO-k köztermesztéséről az egyes tagállamok saját hatáskörben dönthetnének. Magyarország is egyetért ezzel az állásponttal, és több másik tagállammal együtt támogatja párbeszéd kezdeményezését az uniós jogszabályok módosításáról, hogy a jövőben az egyes tagállamok maguk dönthessenek arról, hogy egyes régióikban vagy akár egész területükön termesztik-e az adott GMO-t.
Más témák is felmerültek
A miniszterek vitát folytatnak a 2012 utáni időszakra kialakítandó nemzetközi éghajlat-változási megállapodás uniós álláspontjának meghatározásáról is. A 2009. június 18-19-ei Európai Tanácson az állam- és kormányfők megerősítették elkötelezettségüket a klímaváltozás elleni küzdelemben, valamint az EU üvegházhatású gázkibocsátás csökkentés terén vállalt célkitűzései terén. A soron következő svéd elnökség a tárgyalások ütemezésére munkaprogramot dolgoz ki.
A miniszterek tanácsi következtetéseket fogadnak el az Európai Unió biológiai sokféleség védelme érdekében kidolgozott cselekvési tervének végrehajtása, valamint az invazív fajok elleni küzdelem érdekében, továbbá az Európai Unió biohulladék-gazdálkodását illetően. A cseh elnökség tájékoztatást ad a talajvédelmi keretirányelv-tervezet tárgyalásának aktuális helyzetéről is.