Az uniós források felhasználása során a 2007-ben indult Új Magyarország Fejlesztési Tervhez (ÚMFT) kapcsolódóan egységes eljárást vezettek be a panaszok intézésére. Korábban programonként eltérő gyakorlat érvényesült az elbírálásra.

Az ÚMFT indulása óta a tavaly augusztus 29. előtti pályázatokra április 28-áig beérkezett pályázatokból 3.535 projektet utasítottak el valamilyen hibára hivatkozva - tájékoztatott az NFÜ. Az elutasítások esetében 1.482 döntésre érkezett panasz. A pályázó panaszt tehet a tervezett projekt elutasítása ellen, a csökkentett összköltséggel, vagy módosított feltétellel történő támogatás, jogszabálysértés, illetve a pályázati kiírás szerinti tájékoztatásban foglaltak megsértése esetén.

Az NFÜ szerint gyakori pályázói panasz, hogy a hiánypótlásra megküldött felhívást nem tartják teljes körűnek, egyértelműnek a projektet benyújtók. Jellemző kifogás, hogy a pályázat beadásakor a  kritériumokat eltérően értelmezik, továbbá a panaszos nem találja elég részletesnek az elutasítás indoklását. Előfordul, hogy a panaszos vitatja a szakértői pontozás megfelelőségét, továbbá az értékelés elhúzódását.