Az ügy sok évvel ezelőtt indult, amikor Szlovákia kérelmére a Bizottság a meghatározott termőhelyről származó minőségi boroknak (m.t. minőségi boroknak) az Európai Unió Hivatalos Lapjában 2006. február 17 én és 2007. május 10 én közzétett jegyzékeibe felvette a „Vinohradnícka oblast’ Tokaj” oltalom alatt álló eredetmegjelölést.

2009. július 31 én, egy nappal a borokra vonatkozó, oltalom alatt álló eredetmegjelölések és földrajzi jelzések elektronikus nyilvántartásának (az ún. E Bacchus nyilvántartás ) bevezetése előtt, közzétették az m.t. minőségi borok új jegyzékét. E jegyzék a korábbi jegyzékekben szereplő oltalom alatt álló eredetmegjelölésnek egy Szlovákia által kért módosítását tartalmazta. Ennek megfelelően ezen új jegyzékbe a „Tokajská/Tokajské/Tokajsky vinohradnícka oblast’” oltalom alatt álló eredetmegjelölés került bejegyzésre.

Az E-Bacchus nyilvántartás az m.t. minőségi borok korábban közzétett jegyzékei helyébe lépett. Az új jegyzék alapján az E-Bacchus nyilvántartásba a tokaji borvidék Szlovákiában található része tekintetében a „Tokajská/Tokajské/Tokajsky vinohradnícka oblast’” oltalom alatt álló eredetmegjelölés került bejegyzésre.

2009. november 30 án Szlovákia levelet intézett a Bizottsághoz, amelyben azt kérte, hogy a „Tokajská/Tokajské/Tokajský vinohradnícka oblasť” oltalom alatt álló eredetmegjelölést az E Bacchus nyilvántartásban a „Vinohradnícka oblasť Tokaj” oltalom alatt álló eredetmegjelöléssel váltsák fel, mivel Szlovákia szerint a „Tokajská/Tokajské/Tokajský vinohradnícka oblasť” megjelölés tévedésből került felvételre az m.t. minőségi borok jegyzékébe, és hogy valójában azon nemzeti jogszabályaiban, amelyek alapján a jegyzékbe való bejegyzésre sor került, a „Vinohradnícka oblasť Tokaj” megjelölés szerepelt.

A Bizottság, miután meggyőződött arról, hogy az E-Bacchus nyilvántartás bevezetése napján a kérdéses szlovák jogszabályban valóban a „Vinohradnícka oblasť Tokaj” megjelölés szerepelt, Szlovákia kérelmének megfelelően módosította az említett nyilvántartásban szereplő adatokat.

Magyarország ugyanakkor e módosítást kifogásolta, a borokra vonatkozó, 2009. június 30 án elfogadott (és 2009. szeptember 1 jén hatályba lépett) azon új szlovák jogszabályra való hivatkozással, amelyben a „Tokajská vinohradnícka oblast’” kifejezés szerepelt. Magyarország így a Törvényszékhez fordult, és azt kérte, hogy az semmisítse meg a Bizottság által az E Bacchus nyilvántartásba bevezetett, Szlovákia tekintetében szereplő, „Vinohradnícka oblasť Tokaj” oltalom alatt álló eredetmegjelölés bejegyzését.

2012 végi ítéletében a Törvényszék megállapítja, hogy az E-Bacchus nyilvántartás bevezetése előtt hatályos uniós jogszabályok alapján már oltalom alatt álló bormegnevezések automatikusan oltalmat élveznek. Így ez utóbbi nyilvántartás bevezetése nem változtatott e bornevek oltalmának jellegén, és így ezen oltalom egyáltalán nem függ a nyilvántartásba való bejegyzéstől. E bejegyzés ugyanis csupán a már fennálló oltalmaknak az egyik szabályozási rendszerből egy másikba történő automatikus átvezetésének a következménye, és nem feltétele ezen oltalomnak. E körülményekre tekintettel a Törvényszék úgy ítélte meg, hogy mivel a „Vinohradnícka oblasť Tokaj” megjelölés az uniós jog alapján már az E-Bacchus nyilvántartásba történő bejegyzése előtt is oltalom alatt állt, e bejegyzés nem vált ki joghatásokat. Lévén, hogy a Szerződés alapján a Törvényszék az Unió szerveinek csak azon aktusainak jogszerűségét vizsgálja, amelyek joghatásokkal járnak, a Törvényszék a Magyarország által előterjesztett keresetet, mint elfogadhatatlant, elutasítja.

Magyarország fellebbezést nyújtott be az ítélettel szemben az Európai Bíróság fő ítélkező testületéhez. A bíróság most ismertetett ítélete szerint a Törvényszék helyesen járt el, és nem követett el jogi tévedést annak megállapításával, hogy e bornevek az átmeneti rendszer alapján 2009. augusztus 1. óta automatikusan oltalmat élveznek. Végül Magyarország azon érvét illetően, miszerint az új szabályozás lehetővé teszi számára, hogy keresetet nyújtson be a Európai Bizottság által az E-Bacchus nyilvántartásba tett bejegyzésekkel szemben, a bíróság úgy foglalt állást: az átmeneti rendszer és az új oltalmi rendszer nem hasonlítható össze, ezért azok eltérően kezelhetők. Így az Európai Bíróság Magyarország fellebbezését teljes egészében elutasította.

Magyarország eközben Tokajra változtatta a Tokaji bor elnevezést, azt 2009 júliusában bejegyeztette. Ezt az Európai Bizottság jóváhagyta, és 2009. december 1-jén közzétette. A szlovák fél akkor azt állította: Budapest önkényesen járt el, mert a felek megegyeztek abban, hogy minden változást előre megvitatnak és egyeztetnek.